1. MOPAC简介javascript
MOPAC（Molecular Orbital PACkage）是基于Dewar和Thiel的NDDO近似开发的一种半经验量子化学程序。MOPAC程序的开发始于1981年，以后不断发展。程序支持常见的半经验方法，并可用来优化几何结构，是研究大分子体系的不错选择。php
1.1 MOPAC发展史css
MOPAC 7.1 is a FORTRAN 90 version of MOPAC 7. It supports the methods: MNDO, AM1, and PM3, as well as Sparkle/AM1 for the lanthanides. All published NDDO parameter sets were supported. It is fully in the public domain.html
MOPAC2007 was an improved version of MOPAC 7.1. In addition to the methods in MOPAC 7.1, it also included RM1and PM6.java
MOPAC2009 is MOPAC2007 plus the MOZYME function. MOZYME is a linear-scaling SCF method that allows systems of up to 15,000 atoms to be modeled.bash
MOPAC2012 is MOPAC2009 plus PM7 and PM7-TS.服务器
MOPAC2016 is MOPAC2012 with improved handling of biomolecules.微信
1.2 MOPAC2016支持的操做系统dom
MOPAC2016支持32位和64位Windows，32位和64位Linux，CentOS-5, CentOS-6, CentOS-7和 64 bit Mac系统。ide
2. 安装前的准备
2.1 获取license
对于学术和非盈利用途，MOPAC2016是免费提供的，可是须要申请license。申请网站为
http://openmopac.net/form.php
申请界面以下：
填写相关信息，在两天内就会收到回复。未收到回复的能够向
MrMOPAC@OpenMOPAC.net
联系。
笔者在2 h内收到回复，邮件内容以下：
收到License key后，编辑一个空文件，文件名设置为[license-key].mop。例如，笔者的文件名为12097189a61756081.mop。
2.2 下载程序
程序下载网站为
http://openmopac.net/Download_MOPAC_Executable_Step2.html
在这个网站上能够下载不一样版本的MOPAC2016程序：
对Linux用户，可使用lsb_release –a 命令查看Linux版本信息，例如笔者的服务器显示的信息以下：
所用Linux版本为CentOS-6.9，选择Download MOPAC2016 for CentOS-6，下载获得文件MOPAC2016_for_CentOS-6.zip。
3. MOPAC的安装
3.1 建立文件夹并修改权限
例如：
mkdir –p /home/zxli/MOPAC2016chmod 777 /home/zxli/MOPAC2016
修改目录权限的操做是官方安装说明中要求的，实际能够略去。
3.2 解压程序并修改可执行程序权限
先将MOPAC2016_for_CentOS-6.zip放入文件夹 /home/zxli/MOPAC2016，解压并增长可执行权限：
unzip MOPAC2016_for_CentOS-6.zipchmod +x MOPAC2016.exe
3.3 修改环境变量
在~/.bashrc中写入
export MOPAC_LICENSE=/home/zxli/MOPAC2016export PATH=$PATH:/home/zxli/MOPAC2016export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zxli/MOPAC2016
而后运行命令source ~/.bashrc使环境变量生效，用which命令确认环境变量已经生效：
3.4 激活license
将license文件（例如12097189a61756081.mop）放入MOPAC2016目录中，运行
MOPAC2016.exe 12097189a61756081.mop
根据屏幕提示，依次按回车，输入Yes，再回车，当前目录下就生成了认证文件password_for_mopac2016，以后就能够正常使用MOPAC2016了。
4. 程序测试
MOPAC2016自带测试文件Example data set.mop（官方的测试文件在Linux下文件名带有空格，这是个很差的习惯，建议修改文件名，如test.mop）。新建测试文件夹，如MOPAC2016-test。将test.mop文件复制进测试文件夹内。运行MOPAC2016.exe test.mop。程序结束后会在屏幕显示
MOPAC Job: "test.mop" ended normally on Sep 19, 2019, at 10:36.
打开输出文件，也能够看到文件末尾有程序正常结束的字样：
5. 设置别名
在~/.bashrc中写入
alias mopac="MOPAC2016.exe"
而后source
6. 其余信息
[1] MOPAC官网：http://openmopac.net/index.html
[2] MOPAC在线用户手册：http://openmopac.net/manual/index.html
“以为有用就给做者赏个鸡腿吧”
本文分享自微信公众号 - 量子化学（quantumchemistry）。
若有侵权，请联系 support@oschina.cn 删除。
本文参与“OSC源创计划”，欢迎正在阅读的你也加入，一块儿分享。