amber教程C2

时间 2021-01-17

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含12个碱基对的DNA由A型向B型的转换，并进行了一些结果分析。将A型DNA进行最小化，加热，平衡、动力学模拟得到的轨迹进行动力学分析。前三步均对DNA进行了限制。这个教程里还分别对生成的轨迹文件，以及parm文件进行了去水处理，但由于缺少parm的python脚本文件，我便没有进行去水处理，直接进行了轨迹的分析。需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。 1、测量RMSD并将其保

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