欢迎关注”生信修炼手册”!web
针对复杂疾病，经过GWAS研究能够识别到大量的疾病易感位点，然而这些位点绝大多数都属于微效位点，单个或者少数几个位点对疾病的效应较弱，没法准确的预测疾病。为了更好的研究患病风险，咱们须要综合多基因位点的信息。在这个基础上，提出了多基因风险评分的概念。算法
多基因风险评分，对应的英文以下数据库
polygenic risk score浏览器
简称PRS, 计算公式以下微信
其中i表示SNP位点，m表示SNP位点的总数，β表示该SNP位点对于疾病的效应，j表示该SNP位点的基因型，分别用0,1,2表征没有突变，杂合突变和纯合突变，ω表示每种基因型的频率。从公式能够看出，PRS值是全部疾病相关位点效应值的总和。在计算PRS时，有如下两个关键步骤网络
SNP位点的选择，采用GWAS分析的p值做为阈值来筛选SNP位点，一般会有多个阈值app
SNP位点权重的计算，经常使用OR值或者回归分析的beta值做为SNP位点对疾病效应的权重less
PRS结合了全部疾病关联位点的效应值，更加适合预测个体的患病风险，在实际分析中，计算PRS的流程以下编辑器
首先将数据集分为两个部分，base data和target data。其中base data提供了GWAS分析的结果，如p值，beta或者OR值等，用于构建模型；而target data提供了部分样本的基因型和表型数据，用基于base data构建的模型来预测这部分样本的患病风险。
在建模以前，须要对数据进行质控，能够参考GWAS的质控标准。同时还须要注意，两个数据集的样本必须是独立的，不存在重复样本，即一个样本不能同时出如今base data和target data中。接下来计算PRS, 须要考虑连锁不平衡的调整，beta收缩，pvalue阈值选取等因素，而后计算PRS值，并进行PRS和表型之间的关联分析，最后使用两个数据集进行交叉验证。工具
能够进行PRS分析的软件有不少，PRSice是使用的最为普遍的一款。在后续会详细介绍其用法。
·end·
—若是喜欢，快分享给你的朋友们吧—
往期精彩
3DIV:染色质空间互做数据库
扫描下方二维码，关注咱们，解锁更多精彩内容！
生物信息入门
只差这一个
公众号
本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册（shengxinxiulian）。
若有侵权，请联系 support@oschina.cn 删除。
本文参与“OSC源创计划”，欢迎正在阅读的你也加入，一块儿分享。